PCI Animal Science A. Jacques & al.

Accueil
Actualités
PCI Animal Science A. Jacques & al.

Explorer la diversité génétique : De nouveaux indicateurs proposés pour les cryobanques animales

Cette étude publiée dans la section Animal Science du Peer Community Journal propose un cadre d’analyse et des indicateurs pour l'évaluation des collections animales cryoconservées au service de la conservation de la diversité génétique. Ces indicateurs peuvent être calculés à intervalles réguliers afin de planifier, gérer au mieux ces collections aux niveaux national et international et aider les gestionnaires de populations à exploiter les ressources actuellement disponibles. Ce cadre d’analyse a été appliqué à la cryobanque nationale française.

Cette étude propose un cadre d’analyse reposant sur de nouveaux indicateurs permettant d’évaluer l’utilité des collections cryoconservées dans une optique de soutien à la conservation en i) évaluant son niveau de diversité et sa redondance intrinsèque, et ii) son originalité relativement aux populations en ferme. Pour la première approche, des indices d'équitabilité basés sur ceux de Gini-Simpson ont révélé un nombre déséquilibré de donneurs entre les races pour certaines espèces. De même, les estimations du nombre effectif de donneurs (De) qui en dérivent ont mis en évidence une distribution inégale des donneurs au sein des races. Pour le second point, nous avons développé un nouvel indice d'impact sur la diversité (IDI) pour évaluer le potentiel d'une collection à réintroduire de la diversité génétique dans les populations contemporaines. Lorsqu’il est calculé individuellement, il permet alors d’optimiser le choix des individus à utiliser. Ici, il a été calculé à partir des généalogies de 17 races de trois espèces (porc, mouton et bovin), mais peut aussi s’obtenir à partir de données de génotypages en l’absence de pedigrees.  En général, les collections plus anciennes présentaient les valeurs d'IDI les plus favorables, mais les donneurs récemment collectés pouvaient cependant être utiles pour les populations soumises à une forte sélection. Par rapport aux indicateurs de la FAO motivés par la reconstitution des races, les indices d’équitabilité et le De permettent de planifier l'échantillonnage de manière plus efficace, tandis que l'IDI peut guider la sélection des donneurs afin de gérer la diversité des populations en ferme.

Contact : 
• Alicia Jacques, Michèle Tixier-Boichard, Gwendal Restoux

Référence : 
Assessing the potential of germplasm collections for the management of genetic diversity: the case of the French National Cryobank. Alicia Jacques, Delphine Duclos, Coralie Danchin-Burge, Marie-Jose Mercat, Michèle Tixier-Boichard, Gwendal Restoux. Peer Community Journal, Volume 4 (2024), article no. e13. https://doi.org/10.24072/pcjournal.369 

Voir aussi

Bande dessinée “Les ressources génétiques cryoconservées : une aide pour gérer la diversité génétique des populations animales ?”

Jacques Alicia, Duclos Delphine, Mercat Marie-José, Danchin-Burge Coralie, Tixier-Boichard Michèle, & Restoux Gwendal. (2023). Cryopreserved genetic resources : help for managing the genetic diversity of animal populations? Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.8369757 

Date de modification : 12 février 2024 | Date de création : 12 février 2024 | Rédaction : CRB-Anim